Seksi Pendidikan Madrasah sebagaimana dimaksud dalam PMA Nomor 19 Tahun 2019 Pasal 592 huruf b yaitu bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, dan madrasah tsanawiyah.
| Struktur Seksi Pendidikan Madrasah | |
| Kepala Seksi Pendidikan Madrasah | JONI JUHAENI, S.Pd.I., M.Pd |
| Pengembang Kurikulum | DENI HERMAWAN |
| Analis Kapasitas Pendidik Dan/ Atau Santri | HILMAN ZAINI S.Pd |
| Penyusun Program Kelembagaan dan Kerjasama | M. SARJA S.Ag., M.M |
| Pengembang Potensi Siswa/ Santri/ Mahasiswa | WAHYUDIN, S.Pd.SD., M.Pd |
| Pengolah Data Beasiswa dan Bantuan | AHMAD ZULKIPLI, S.Pd.I |
| Pengembang Mutu Akademik | Hj. SITI MULTHAFIAH, S.Ag |
| Analis Kapasitas Pendidik Dan/ Atau Santri | IWAN IRWANDI, M.Pd |
| Pengadministrasi Umum | HERIYANSYAH |
| Arsiparis | MUHAMMAD TORIKI |
| Analis Kebijakan | RIF'ATUL MAHMUDAH S.Pd.I. |