Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren sebagaimana dimaksud dalam PMA Nomor 19 Tahun 2019 Pasal 592 huruf c yaitu bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan diniyah, diniyah takmiliyah, kesetaraan, Al-Quran, dan pondok pesantren.
| Struktur Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren | |
| Kepala Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren | DEDEN SUDRAJAT, S.Pd., M.Pd |
| Pelaksana | MANIYATIN NUPUS, SE |
| Pelaksana | SUNARYA, S.Ag |
| Pengelola Bantuan Pendidikan | WINA APRIYANI DEWI, S.Pd |
| Pengelola Dokumentasi | HOTIB, S.Pd.I |
| Analis Kebijakan | IRA RAISSA RAHMA S.E. |
| Pengadministrasi Umum | ISNAYANTI, A.MD |